Pochodzenie zwierząt nie zostało dotychczas wyjaśnione, głównie z powodu braku szczątków kopalnych pierwotnych tkankowców. Naukowcy rozważają kilka hipotez wywodzących pochodzenie zwierząt od pierwotniaków, m.in. hipotezy cellularyzacji i integracji. Przyjmuje się, że przodkami zwierząt byli magazynujący glikogen i zaopatrzeni w wić przedstawiciele królestwa protista. Razem z grzybami i niektórymi pierwotniakami łączone są w super grupę Opisthokonta. Tak jak u przodków roślin, u zwierząt w procesie komplikowania budowy pojawił się okres występowania kolonijnego. Poszczególne organizmy kolonii rozpoczęły różnicować swoje funkcje, co doprowadziło do powstania tkanek.
Odkrycia dokonane w latach 2009-2012 w rejonie Półwyspu Arabskiego oraz południowych Chin sugerują, że najstarsze zwierzęta pojawiły się ok. 600 mln lat temu (Chiny - 570 mln, Oman - 635 mln), należały do typu gąbek i wywodziły się z organizmów jednokomórkowych podobnych do ameby. Wiek najstarszych zwierząt jest jednak prawdopodobnie zaniżony – w 2012 roku w Urugwaju zostały znalezione ślady pozostawione przez wędrujące zwierzęta dwubocznie symetryczne, pochodzące sprzed 585 milionów lat.
Zwierzęta tkankowe są pośród współczesnych przedstawicieli świata zwierzęcego grupą zdecydowanie dominującą. Zaliczamy do nich wszystkie właściwie typy królestwa zwierząt, wśród których beztkankowe są jedynie gąbki. Przodkami jednych i drugich były z pewnością jednokomórkowe organizmy, które dzisiejszy badacz zaliczyłby do królestwa protistów. Protisty również dzisiaj są bardzo bogato reprezentowane i zróżnicowane i zagadką jest, krewnymi których z nich były pradawne eukarionty, z których rozwinęły się zwierzęta. Nie mamy również jasności co tego, jak dawno zwierzęta tkankowe wyodrębniły się spośród protistów, być może wspólnie z gąbkami. Sądzimy, że nastąpiło to w erze prekambryjskiej przed ok. 590 mln l. t. z którego to czasu nie zachowało się zbyt wiele skamielin.